八国联军杀入北京，慈禧逃到西安。庚子赔款后，慈禧返回，沿途迎接的大小官员及士兵，都跪下迎接。慈禧御驾路过小站，段祺瑞及手下士兵站立迎接。载沣喝令：“跪下！”段祺瑞及士兵依然挺立。载沣大怒，拔刀要砍段祺瑞的腿；段祺瑞扛枪昂然而立，怒目而视，现出凛然不可侵犯之气势。当时守卫京城的清廷禁军被八国联军消灭，要靠新军；慈禧害怕激起兵变，做出宽宏大量状，不追究。慈禧死后，载沣成为摄政王，段祺瑞依然不跪，因此受到清贵族的排挤，被解除兵权，任保定军校校长，在此期间培养出了一批杰出的军事人才，直到袁世凯重获重任才重新被重用。
袁世凯当上大总统后，准备称帝，北洋将领见袁跪拜；唯独段祺瑞不肯下跪。冯国璋劝段，段不满：“已是民国，为何还行跪拜？”冯说：“民国的大总统与皇帝没区别。”段慨然：“我是军人，只行军礼！”然后直接进总统府劝说袁世凯不要称帝，共和已经深入人心，民心所向，否则必将导致天下大乱，袁虚与委蛇，表示不称帝，次日革去段陆军总长职位，削去兵权。后袁称帝，蔡锷护国军连战连捷，北洋军分崩离析，袁在内忧外患中重病不起。当年劝其称帝的人都避而不见袁，撇清关系，唯独段每日前去照看，关怀备至，袁唏嘘不已。
后段任总理，革除袁所留下的陋习。1926年3月18日上午10时，国民党与学生联合会等团体共约5000多人在京举行“反对八国最后通牒的国民大会”。游行中，现场负责人员担心局势失控，命令预伏军警以武力驱散游行队伍，结果造成当场死亡47人，伤200多人的惨剧。段祺瑞在得知政府卫队打死徒手请愿的人们之后，匆忙赶到现场，面对死者长跪半日不起。次日自己向国会主动提出引咎辞职，表示从此再不过问政事，并从此终生食素，以示忏悔，一个月后国会接受辞职，从此段过起了隐居生活。
1931年9月日军侵占东北，关东军特务机关长土肥原曾经数次到津密晤段祺瑞，请段出面组织华北政府，日愿以全力支持，段祺瑞坚持不与日人合作，悄悄离开天津移居上海。蒋介石通令所有少将以上的军官一齐到南京浦口车站迎接，有记者采访他为何来沪，他铿锵作答:“日横暴行为，已到情不能感理不可喻之地步。我国唯有上下一心一德努力自救。全国积极备战，合力应付，则虽有十个日本，何足畏哉？”
1934年春，段祺瑞胃溃疡发作，引起胃部出血，被送进医院，体质日衰，家人劝他开荤，以加强营养，但被他拒绝:“人可死，荤不可开，我已承诺终生忏悔，不可变改。”1936年11月1日段祺瑞胃病突然发作，急送上海宏恩医院救治，2日在医院病逝，终年七十二岁，死时，因其一生廉洁朴素，身无余财，还留下一大笔的欠款，被人告上法庭。后青岛将佛海路按他的字改名为芝泉路，以纪念他在一战中出兵击败德军收复青岛的功绩。段祺瑞信佛吃素，为人严肃刻板，不苟言笑，生活朴素，清廉如水，无积蓄房产，不抽、不喝、不嫖、不赌、不贪、不占，人称“六不总理”，因致电逼迫清帝退位、抵制袁世凯称帝和讨伐张勋复辟这三件事，被时人誉为“三造共和”。
来源：和訊
